O Planapo assume as diretrizes definidas na Política Nacional de Agroecologia e Produção Orgânica. São elas:
 

- Promover a soberania e segurança alimentar e nutricional e do direito humano à alimentação adequada e saudável.
- Promover o uso sustentável dos recursos naturais.
- Promover a conservação e recomposição dos ecossistemas naturais, por meio de sistemas de produção agrícola e de extrativismo florestal baseados em recursos renováveis.
- Promover sistemas justos e sustentáveis de produção, distribuição e consumo de alimentos, que aperfeiçoem as funções econômica, social e ambiental da agricultura e do extrativismo florestal.
- Valorizar a agrobiodiversidade e os produtos da sociobiodiversidade e estímulo às experiências locais de uso e conservação dos recursos genéticos vegetais e animais, que envolvam o manejo de raças e variedades locais, tradicionais ou crioulas.
- Ampliar a participação da juventude rural na produção orgânica e de base agroecológica.